生產生物柴油的原料主要是餐飲業廢油、榨油廠下腳料、廢棄動物脂肪、東南亞棕櫚油等植物油。第一代生物柴油和第二代生物柴油的生產原料相同，但是采用不同的生產工藝，分別為酯交換和催化加氫。兩者得到的產品化學結構不同，第二代生物柴油與石油基柴油屬于同性質產品，生產的產品化學成分為C12~C20的烷烴(大部分為C15~C18)，具有較低的密度和較高的十六烷值、硫含量較低、傾點低以及與柴油相當的氧化安定性等優勢。與此同時，第二代生物柴油的二氧化碳排放量比柴油低，可以減少限制的和非限制的污染物排放（包括SOx、NOx），還可以減少顆粒物排放量，并且能大大減少發動機結垢，噪聲明顯下降